ビオトープガーデン・リンク集

あえて言う必要もないかも知れませんが、ネットでの情報というのは二次情報とか三次情報なのはざらで。どの研究から引用した情報なのか出典が書いてない方が普通なので、なかなか原典に当たる文献を見つけるのは大変だったりします。
特に生物の多様性についての研究は、まだ歴史が新しく日々情報の更新が行われています。

メダカについてみても、1987の酒泉の研究では北日本集団と南日本集団の２集団でした。
それが最近では大きく分けて１０タイプとなっています。
去年あたり、杉並メダカなんてのも発見されたりで、今後の成り行きとしては当然、水系ごとでの家系が明らかにされていくでしょう。

言い換えれば、種内変異の地方毎での多様性を保護すると言うことは、わからないものをそのまま変質させることなく次世代へと残しておく技術だとも言えると思います。


以下色々抜粋

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“地域変異種”,“雑種”
http://homepage3.nifty.com/mutans/killies/medaka/amg_03.htm
とにかく同じメダカとは言え、別の所で捕まえて殖やしたメダカを、無闇にあちこちに放流するのは良くないのだな。」と、何となくでも良いから思って頂ければ幸いである。

　しかし、それでも「水源が違おうと、遺伝子が違おうと、同じメダカだろ？それを何処に放そうが、混ぜようが勝手じゃないか。メダカの数を増やす行為のどこが悪い?」と、納得されない方もいるかもしれない。そのような向きは、もしかすると"多様性"と言うものを御存知ないのかもしれないので、こちらを一読して頂ければ、考えがあるいは変わるかもしれない。 → [ 生物多様性 ]

中略

南日本集団の小集団

東日本型、東瀬戸内型、西瀬戸内型、山陰型、北部九州型、有明型、大隅型、薩摩型、琉球型

　北日本集団と南日本集団は尾鰭の軟条の数を始め、体型や内臓にも或程度の差が見られる。これは、日本列島を縦断する山脈による隔離による結果であろう。更に多くの山脈によって、両者が細分化されたのである。また、同じ地域に分布するメダカであっても、その生息地が全く隔離された（或川とその川を水源としない沼のように。）もの同志であれば、かなり僅かであるが、やはり差違が認められる。

中略

以前にも少し触れたが、話の流れ上、便宜的に再び、クロメダカとヒメダカとの雑種についてもう一度、言及する。

　ヒメダカはクロメダカの色素変異種で、つまり同種であるから、その両者の生殖活動も当然の如く行われる。
　その雑種（「種」というカテゴリーで考えると、不正確な言い方だが、敢えて雑種と呼ぶ。）は、見た目がクロメダカそのものであったり、ヒメダカそのものであったり、ヒメダカの体表に斑が入ったもの、淡い体色のクロメダカなど様々である。そして、やはりこれらも自然下に放流することに、筆者は反対である。
　ヒメダカはクロメダカと同種ではあるが、その種の固定はほぼ完璧に成されており、そういう意味では別物であるとも言えるからである。また、そのヒメダカ自体も元を辿れば、何処かの地域に在来していたクロメダカである。
　ただ、先述の通り、それを個人のみで楽しむのであれば話は別である。

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■図4　日本産メダカの地域個体群と分布11)
http://www.cbr.mlit.go.jp/chugi/topics/medaka/final/0302.htm
から



（２） 日本におけるメダカ分布
　日本には4つの集団のうち北日本集団と南日本集団が分布しています。これら2つの集団は主に山脈によって分かれています（図4参照）3)、11)、16)。
　北日本集団は、比較的均一な集団で地域差があまり明瞭ではありませんが、南日本集団は水系の分布と密接に関連した多くの地域個体群が存在します。南日本集団の地域個体群は、現在9つの型に分けられています。地域個体群は、高い山などによって隔離され遺伝子の交流が行われないために生じると考えられています11）。
　メダカの遺伝的な違いは、特に北日本集団や南日本集団などの集団間で著しく、ある尺度で比較すると、おおよそヒトとチンパンジーの差に相当すると言われています12）。

ハイブリッド集団
南北両集団間で対立遺伝子が異なるアイソザイム遺伝子座のうち、ある遺伝子座は北日本集団型であり、また、ほかの遺伝子座は南日本集団型を示す個体群である。南北両集団の境界地域にあたる丹後・但馬地方に、南日本集団の山陰型に囲まれて分布している3)11)。


「愛知のメダカの学校調査」について
目次
http://www.cbr.mlit.go.jp/chugi/topics/medaka/final/index.htm
1.はじめに
2.愛知の「メダカの学校調査」の結果
　2-1「愛知のメダカの学校調査」の概要
　2-2愛知県内の生息分布状況
　2-3調査員、調査団体など
　2-4愛知県内の遺伝子型分布状況
3.メダカについて知りたい！！
　3-1メダカってどんなさかな？
　3-2どこに分布してるの？
　3-3どのような環境にすんでいるの？
　3-4何を食べているの？
　3-5どんなくらしをしているの？
　3-6少なくなったのはなぜ？
　3-7メダカに似たさかな
　3-8メダカ調査方法（参考）
引用文献・あとがき

（参考）
第1回(2000年)の調査結果 はこちらから。
第2回(2001年)の調査結果 はこちらから。

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日本でのめだかの分布
http://medaka.kdn.ne.jp/medakatte/chishiki/index2.html



『めだか』は北海道を除く、全国各地で見ることができます。
同じニホンメダカといっても下の図のように地域毎に変異があります。
日本列島ができる前から住んでいためだかの祖先から図のような集団に分かれ始めたのは百万年〜三百万年前からという研究もあります。
北日本集団内の変異はあまりありませんが、南日本集団は山脈や海に隔てられて、大きく９種類の型に分化しています。
南北集団の境界線である京都府円山川流域で、その雑種であるハイブリット集団が1987年に見つかりました。でもその他の境界線地域では不思議なことに混血種は見つかっていません。
こうした地域の特徴ある『めだか』をその地域毎に守り育てていくことが大切だと思います。他の地域や水系のめだかやペットショップで買ったヒメダカなどを、川や池に放流することは地域の固有種との混血が起こったりしますので、やめるようにしましょう！

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ニホンメダカ資料室
http://medaka.ns-it.net/museum/shiryou.html



ニホンメダカは、北海道を除く日本、中国、朝鮮半島に棲んでいます。どの地域のメダカも外見は同じように見えますが、遺伝的にはいくつかのグループに分かれています。大きくは、北日本集団、南日本集団、東韓集団、西韓集団、の4つに分かれます。更に、日本に棲むニホンメダカについて詳しく見ていくと、北日本集団は均一な1つの集団で、南日本集団が「東日本型」「東瀬戸内型」「西瀬戸内型」「山陰型」「北部九州型」「有明型」「大隅型」「薩摩方」「琉球型」の9つの型に分かれます。
1987年に北日本集団と南日本集団の両方の遺伝子の特徴を持つメダカ（ハイブリッドメダカ）が丹後・但馬で発見されました。この地域のメダカは北日本集団と山陰型の雑種です。これは南北両集団に一旦分化したメダカが出会い、再び南北両集団と隔離され、分化したと考えられています。他の型の間にはこのような雑種は発見されていないことから、丹後・但馬で何か特別な事件が起こったと考えられています。

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メダカの種類と分布
水生生物センター
http://www.epcc.pref.osaka.jp/afr/fish/publi/medaka/syu/index.html



●メダカの地域集団の違い
　日本のメダカは遺伝学的に見て北日本集団と南日本集団の２集団に大きく分かれていることがわかっています。
　(酒泉、1987より)

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生物多様性
http://homepage3.nifty.com/mutans/killies/medaka/amg_04.htm

生物多様性とは、生物学から派生した用語で、生物のバリエーションが豊富な事を言う。

　同一の種であっても、分布地域や生息・生育環境の違い等によりその遺伝的特性の相違は小さくない。
　種の集団で、個体ごとの遺伝子構成のバリエーションが豊富な事を特に「遺伝的に多様である」と言う。
　遺伝子構成のバリエーションが乏しく画一的だと…つまり、生物そのものやそれらを取り巻く環境がバラエティ豊かでないと、突発的な病気の発生によって全ての個体が死滅してしまったり、 繁殖の可能性が低下し、種が絶滅し易くなってしまい、生態系全体が崩壊しかねないと考えられている。

　例えば、ある地域在来のイワナと放流などによって他所から入ったイワナとが交雑したり、置き換わったりすれば、在来個体群の遺伝子の喪失、つまり「遺伝子の多様性」の喪失へと繋がる事になる。
　また、或る地域のカジカを例に挙げると、これまで一種とされていたものが、生態やDNAレベルの研究が進むにつれて、河川型、回遊型という様に複数の種を含んでいる事が最近になって判明した事もある。まだ各地で、この様に新種記載がそれほど進んでいない現状では、在来個体群をより大切にする必要があると思われる。

中略

　全ての種は、種内に遺伝的多様性を保持しており、この遺伝子レベルでの多様性を保全する事は、生物多様性を保全する上で非常に重要である。
　一般的に、同一種と分類されるもの同士でも、島や山地など地理的に隔離された地域個体群の間では、地域毎に適応した異なる遺伝子を持っている。つまりこれが、種内における遺伝的多様性を保持しているという事である。種内の遺伝的多様性を保全するには、この地域個体群を保全する事が重要だが、残念な事に現在は様々な人為的影響により、地域個体群の消滅が進んでいる。
　参考までに付け加えておくと、1991年度「日本の絶滅のおそれのある野生生物」によれば、32種類（内、淡水魚は7種）の地域個体群が、絶滅の恐れが高いとされている。

中略

　問題は、集団が小さくなると近親交配が増え（俗に「血が濃くなる」と言う。）、種内の遺伝的多様性が低下し、遺伝子のホモ化が急速に進む事である。横浜国立大学環境科学研究センター客員助教授曰く、「全部ヘテロから出発しても、近親交配が続くと10世代くらいで90％の遺伝子がホモになる」そうである。生物集団の規模が一旦小さくなると、ホモ化による有害遺伝子の引き起こす悪影響がその生物集団を襲い、それがまた集団を小さくして、更にホモ化が進み･･･という具合に、絶滅の動きが加速する。（余談だが、メダカでは遺伝的多様性が減少すると、左右の鰭の長さの差が大きくなり対称性が失われる。）
　遺伝的多様性を維持し、個体群を安定的に維持する為には、性的成熟個体の雌雄が適切な比率で、一定数以上生息する必要がある。

　が、小集団のまま、比較的安定した個体数を維持する種も存在する。チータやイリオモテヤマネコは遺伝的多様性が極めて小さいのに、絶滅していない。これは、例えばチータの場合、仲間の皮膚を移植しても拒絶反応が起きない程、遺伝的多様性が失われているからである。多様性が失われてもこれらが絶滅しないのは、「氷河期に個体数が激減した際、有害遺伝子（を有する個体、あるいは集団）が淘汰され、現在生き延びている集団には有害遺伝子が殆どなくなっているから」だと考えられている。　だからと言って、小集団を成す生物を軽く見るのは危険である。言うまでもなく、遺伝的多様性が小さい程、環境変化などの要因で絶滅する危険が圧倒的に高くなるからである。

中略

　即ち、健全な生態系保存の為には、生物の遺伝子レベルでの多様性さえも尊重することにより、その多様性を保全しなければならない。それが結果的には我々人類の生存する方法の一つでもある。


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生き残れ！地域のメダカ 〜昭島メダカと杉並メダカ〜
http://clairvoyance.dip.jp/MTOS/science_petit-story/2009/04/post-35.html

東京のメダカに関するうれしいニュースを2つ見つけました。

1つ目は、2004年に昭島市で東日本II型に分類される地域性の高いメダカが見つかったという話です（詳細はこちら）。新潟大学にいるメダカ研究の専門家にDNA鑑定を依頼しての結果なので信憑性は高いといえるでしょう。

2つ目は、2008年に杉並区の民家の池で東日本I型に分類される純粋種のメダカが見つかったという話です（この型はすでに絶滅したと考えられていました）。この家の方が、60年ほど前に自宅近くの水田で捕まえたメダカを池で飼い始めたことで、いい意味で隔離され、地域性が保存されたといえます。

昭島メダカや杉並メダカのように地域性の高いメダカがもっともっと見つかって、保護されていくといいですね。もしかしたら、あなたの身近なところにも地域性の高いメダカが生き残っているかもしれません。

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雑種ができるかできないか
http://soudan1.biglobe.ne.jp/qa2454748.html

動物間の遺伝子の距離に興味をもっているものです。というより、雑種ができるかできないかということに、面白半分の興味を持っている学問的素養ゼロのバカ親父です。

１．ヒトおよび類人猿の間
次の間で雑種が生まれる可能性がありますか？あるとすれば本物の雑種または一代限り？
（１）ヒトとチンパンジー、ゴリラ、オランウータン
（２）チンパンジーとゴリラ、オランウータン
（３）ゴリラとオランウータン

２．イヌ科の間（狸と狐はイヌ科ですか？）
（１）犬と狸、狐
（２）狸と狐

３．ウマ、ロバ、シマウマなど
（１）馬とシマウマ
（２）ロバとシマウマ

４．今までのの動物の分類方法（科、目、種など）は、主として動物の姿かたち（骨格など）が似ているか似ていないかで決めていたように思います。しかし遺伝子研究の結果、今まで近縁であったと思っていたものが、大変離れていたり、またその逆であったりすることもあるのじゃないかと思われます。
そこで、あっと驚くような具体例があれば、教えてください。

５．以上のようなことに関して記載された参考書（興味本位の面白い読み物）があれば、教えてください。

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4．
DNA解析・アロザイム分析などの分子生物学的手法を用いた研究例は多数ありますが、専門の魚類の研究例の6つ紹介します。

1.スナヤツメ
日本と朝鮮半島に分布するヤツメウナギ科の魚です。数年の幼生期を経て秋に変態し、翌年に産卵して一生を終えます。変態後は餌を摂りません。
近年の研究でスナヤツメといわれていた集団には、生殖的隔離機構が働いている2つの集団が存在していることがわかり、別種である考えられています。
分布が南北に偏ることから、スナヤツメ北方種、スナヤツメ南方種と呼ばれています。
北方種は北海道、本州に分布し、南方種は本州、四国、九州、朝鮮半島南部に分布しています。北方種は日本固有種です。
本州の関西以東では両種が同所的に分布することがありますが、産卵行動中の個体をアロザイム分析で種判別をした結果、生殖的隔離機構が働いていることが確認されています。
2.カジカ
カジカには生活型が異なる河川陸封型と両側回遊型が存在します。
2つの異なる生活型は同種だと考えられていましたが、形態学的・分子生物学的研究で、現在はカジカ大卵型（河川陸封型）、カジカ中卵型（両側回遊型）、カジカ小卵型（両側回遊型）の3種に分類しています。
大卵型は本州、四国太平洋側、九州北部に、中卵型は北海道南部、本州の日本海側と瀬戸内海側、四国瀬戸内海側、九州北部に、小卵型は四国の太平洋側と紀伊水道側、本州の太平洋側と紀伊水道側に分布し、3種とも日本固有種です。
琵琶湖に分布する集団は別種（ウツセミカジカ）とされていましたが、アロザイム分析の結果、小卵型と遺伝的に均一なことがわかり、小卵型の湖沼陸封型とされています。
3.イシドジョウ
島根県高津川水系匹見川で1970年に発見された河川上流に住む小型のドジョウです。福岡県、山口県、島根県、広島県、愛媛県、高知県の分布しています。
四国地方の集団は体側や頬の模様が違うことから別種の可能性が指摘されていましたが、四国集団と九州・中国集団の間に核型や染色体数に違いがないと報告され、種の異同については棚上げされていました。
しかし、近年になってミトコンドリアDNAとアロザイムにおいて、別種レベルに分化していることがわかりました。
4.イシドンコ
イシドジョウと同じく匹見川で発見されたドンコ科の魚です。ドンコにはアロザイム分析による差異から、西九州、西瀬戸、東瀬戸、山陰・琵琶・伊勢、匹見に5集団に分けられます。
さらに、匹見集団は同一水系に分布する西瀬戸集団との間に生殖的隔離および形態的差異があることから、2002年にイシドンコとして新種記載されました。神戸市立須磨海浜水族園の飼育個体で、個体発生のおいてもイシドンコとドンコの間には差異があることがわかっています。
5.アリアケギバチ
九州の玄海側、有明海側、壱岐に分布するギギ科のナマズです。東北、関東に分布するギバチとは同種とされていましたが、アロザイムや核型の相違、背鰭棘の長さの相違などが確認され、別種とされました。
6.メダカなど
メダカには遺伝的に異なる地方個体群があり、アロザイム分析により、北日本集団と南日本集団に区別できます。さらに、ミトコンドリアDNAの研究から、北日本集団は3亜群が存在し、南日本集団には15亜群が存在することがわかっています。
同様の研究は、カワヨシノボリ、シマドジョウなどでもされています。

長文になりましたが、参考になれば幸いです。

＊＊＊
詳しいご説明ありがとうございました。分類の方もドンドン進化しているようですね。
　アロザイム分析というのは、初めて聞きました。酵素なんですね。酵素っていうのは奥の深いもので、調べていくと頭がこんがらがってきます。
　ありがとうございました。
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１．２．３．
いわゆる生殖的隔離機能（卵が精子に対してパスワード チェックをかけているなど）がいろいろありますので、異種交配で子どもが生まれる確率は著しく低くなります。「低い」ということは１世代雑種できないことはないということになるでしょう。

​http://www.seikagaku.co.jp/glyco/02.html​
​http://www.evolution.bio.titech.ac.jp/f_research/cichlid/cichlid2.html​
​http://hitohaku.jp/muse/docs/muse_ex4_2.html​

レオポンやラバ、洋ランなど、例外が多々ありますよね。

４．
遺伝子研究の結果ではありませんが、こんなのはどうでしょう。
ウナギに似ているのでヤツメウナギ(八目鰻)というものがいます。ヤツメウナギは鰓孔を含めて目のように見える丸い形が片側に八つあるために、八つの目があるウナギということでその名がついたようです。

​http://www.net.systemk.co.jp/~kawanina/tansui/yatume/yatume.html​

ということで我々はヤツメウナギとウナギはとても近い種のように感じていたわけです。しかし実は人間とウナギの遺伝子の方がヤツメウナギとウナギの間よりもずっと近いそうです。つまりウナギとヒトは結構似たもの同士！ってことですね。

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日本各地のメダカ
http://nozo_2.at.infoseek.co.jp/medaka/what.html

ニホンメダカは、生息地によって遺伝子が違う集団に分かれていることが分かっています。
大きく分けると２つ。
１つが青森県から日本海側の東北地方、北陸地方までの北日本集団、 もう１つが太平洋側の東北地方から関東、東海、中国、四国、九州、沖縄までの南日本集団です。

さらに南日本集団は、以下の８つに分かれます。

・東日本型（太平洋側東北地方、関東地方、中部地方、三重県、高知県）
・東瀬戸内型（関西地方、香川県、徳島県、岡山県東部）
・西瀬戸内型（愛媛県、岡山県西部、広島県、山口県、大分県）
・北部九州型（福岡県、佐賀県）
・有明型（長崎県、熊本県）
・薩摩型（鹿児島県薩摩半島周辺）
・大隅型（鹿児島県大隅半島周辺）
・琉球型（沖縄県）

これらの型の違いは、外見上ではなかなか見分けられません。 分ける時は遺伝子の型によって分けます。
メダカがこのように細かく分かれたのは、かつて日本列島ができた時、 海や山脈にへだてられてそれぞれの地域に閉じこめられたためと考えられています。 日本の川は地形からみても、長さが短く広がりがあまりないということもあるでしょう。
それに、あまり泳ぐ能力が高くないので、 狭い範囲内で世代交代を繰り返し他地域へと行くことがあまりなかったからともいえます。
ですので、他地域のメダカが入ってくるとその地域のメダカの遺伝子に影響が出てきてしまいます。 メダカの絶滅危惧種指定は、この地域個体群の型が絶滅危惧なのだ、ということもできます。 2007年のレッドリスト見直しでは、すでに述べたとおり北日本集団と南日本集団に分けて記載されました。 もしかしたら、この２つには亜種ぐらいの違いがあるのではないかと考えられてきています。 見た目ではあまりわかりませんが、それぐらいの違いはあるということのようです。
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ハイブリットメダカ（混雑種）
http://nissyo.seesaa.net/article/102395965.html
ところで豊岡のメダカはどうなのかといえば、新潟大学の酒泉満教授の説によると、円山川流域のメダカは地理的には南日本集団に属するのですが、この集団は共通の遺伝子を持つ一方、著しく変異に富、「東日本型」「東瀬戸内型」「山陰型」などそれぞれ特徴のある遺伝子型を持つ９つの地域集団に分類されます。ところが円山川水系のメダカは、北日本集団、南日本集団とのハイブリット（混雑種）を祖先に持つ集団とのことです。南日本集団に位置するにもかかわらず北日本集団型を示しているのです。すれに対し網野町、久美浜町、浜坂町などの地点では、南日本型なのです。南日本集団の中に島状に取り残されたように分布する我が円山川流域の集団は、種内で互いに分化の進んだ２つの集団が再び出会い、交雑の結果、また新たな集団を産み出した例として大変興味深いものです。この遺伝子座に固定するためには、ある長さの時間が必要であることから、交雑が起こった時期は少なくとも数万年前にさかのぼると考えられる、との事です。

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山形県内に生息する野生メダカにおける
種内分化の分子遺伝学的解析
http://www.lib.yamagata-u.ac.jp/kiyou/kiyoun/kiyoun-16-2/image/kiyoun-16-2-055to069.pdf

1 序論
メダカ（Oryzias latipes）は日本、韓国、及び中国に広く分布する小型淡水魚である。日本国内では北海道から沖縄まで広い範囲で生息が確認されてきた。しかし、近年、生息する環境の変化等により生息地の減少が報告され、平成15 年刊行の環境省レッドデータブックでは絶滅危惧II 類（絶滅の危険が増大している種）に分類されている（林、2003）。
メダカの種内分化に関しては、形態の違いと遺伝子多型の違いを用いた研究が行われてきた。これらの研究の結果から、日本に生息するメダカは、青森県東部から丹後半島にかけて日本海側に分布する北日本集団と、それ以外の南日本集団に大きく分けられることが示されている（Sakaizumi、1984；酒泉、1990；岩松、1993）。
ミトコンドリア遺伝子は、DNA サンプルが得やすいことや核遺伝子に比べて塩基置換の速度が速いことなどの利点を持つため、近縁種間または種内における系統関係を調べるために使用されている。中でもチトクロームb 遺伝子（cyt b）はタンパク質をコードする構造遺伝子であり、魚類を含む多くの生物種において系統解析に最もよく用いられている遺伝子の一つである（Brito et al.、1997；Meyer et al.、1990；Zardoya and Doadrio、1999）。
Matsuda ら（1997）とTakehara ら（2003）は、ミトコンドリアDNA及びこれに含まれるcyt b の塩基配列を用いて、RFLP（restriction fragment length polymorphism）法による解析と塩基配列の比較を行い、北日本集団が遺伝的変異が少ない単一の系統群（クレード）であることを明らかにした。
山形県に生息するメダカは北日本集団に分類される。北日本集団は、cytb を用いたRFLP 法による解析からさらに20 種類のハプロタイプに分類することができるが、山形県内6 地点で採集された個体はこのうちの3 種類のいずれかに分類されることがTakehara ら（2003）によって報告されている。
しかし、山形県内ではこれまでに143 カ所（消滅した場所を含む）の生息地が、山形県めだか情報センター∗ によって確認されており、6 地点からの採集では県内に生息するメダカのハプロタイプの分布を明らかにすることは困難である。山形県内に生息するメダカのハプロタイプの分布を明らかにすることは、山形県の野生動物相の成り立ちを検討するために有用な情報となり、また、人為的なメダカの放流による他地域の集団からの遺伝子流入を検証するためにも有用である。
今回我々は、山形県内58 地点から採集した野生メダカ65 個体をサンプルとしてcyt b のPCR（polymerase chain reaction）-RFLP 解析を行い、ハプロタイプを決定した。更に、13 個体についてcyt b 塩基配列の比較を行った。
これらの結果から明らかになった県内メダカの種内分化の状況を報告する。

中略

4 考察
本研究では、山形県内で採集した野生メダカの種内分化について、cyt b を用いたPCR-RFLP 法、N-J 法及び最節約法による解析を行った。その結果、県内のメダカは、県北部日本海側に生息する集団と県内陸部に生息する集団の2 つに大きく分けられることが明らかになった。両者の生息域の境界は真室川町、鮭川村及び戸沢村近辺にあることが推定された。また、県北部日本海側の地域には、生息地が限局されてはいるが、独自の遺伝的クラスターを形成するハプロタイプY1 が存在することが明らかとなった。今回の解析では、明らかに他地域から流入したと考えられる個体は確認されなかった。
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